梵諦岡博物館為3層樓高的建築，內擁有約7公里長的展示廳，分為許多館區包含埃及館(Museo Egizio)、凱撒館(Museo Chiaramonti)、克里蒙館(Museo Pio Clementino)、希臘館 (Museo Etrusco)、古雅典文明館(Stanza della Segnatura)、西斯汀那禮拜堂(The Sistine Chapel)，還有連續4間由拉斐爾繪滿壁畫的拉斐爾室以及收藏50萬冊宗教歷史書籍和6萬件書簡的Apostolica Vaticana圖書館。

西斯汀那禮拜堂為一座矩形建築，是天主教教宗的選出儀式的舉行處，以米開朗基羅『創世紀』穹頂畫和『最後的審判』祭壇壁畫聞名世界，從屋頂和牆上繪滿聖經故事。創世紀穹頂畫由1506年米開朗基羅獨自創作至1512年完工，描繪了舊約中創世紀的9個場景，成為米開朗基羅的代表作品；最後的審判這幅祭壇壁畫以馬太福音中的『最後的審判』為題材，由1535年至1541年間米開朗基羅創作，圖中以耶穌基督為中心為天堂、人群為地獄，其所代表的宗教函意寓意深遠。